Die Geschlechtsreife beginnt im Alter von 10.-18. Monaten es bilden sich nicht nur äußerlichen Geschlechtsmerkmale heraus, sondern sie entwickeln sich zu paarungsfähigen adulten Tieren. Ab einem Alter von ca. 18.Monat kann man die ersten Versuche der Annäherungen des Männchens zum Weibchen beobachten, das Weibchen ist damit nicht immer einverstanden,weil es vielleicht noch nicht so weit ist und dieses Verhalten des Partners ihr gegenüber neu ist, sie zeigt sich in dem Alter manchmal zickig, ab und an kann man beobachten das beim
Annäherungsversuchen des Männchens, dass Weibchen einen "Katzenbuckel" macht oder sogar flüchtet und sich versteckt.

Durch heftiges Nicken und Winken des Männchen und dem Weibchen hinterher jagen, schnappt er sie durch einen Nackenbiß am oberen Kamm, danach wird das Weibchen zum Boden (Substrat) gezerrt, das Weibchen wehrt sich nicht mehr auf dem Substratbereich , nachdem das Männchen sich und das Weibchen in Position gebracht hat, kommt es zur Kopulation,diese dauert nur einige Sekunden, danach lässt das Männchen wieder losund jeder geht seine Weg.

Eine Weile nach der Paarung baut das Weibchen eine Nistgrube, die etwa 10-20 Zentimeter tief ist, und legt bis zu 16 Eier ab, aus denen je nach äußeren Temperaturbedingungen nach 67-101 Tagen die Jungen schlüpfen. Eine Weibliche Wasseragame kann so bis zu drei Gelege im Jahr haben.