Wasseragamen sind eher scheu und reagieren bei Bedrohungen oft mit panischer Flucht, in in hohe Bäume oder in Gewässer, wo sie Abtauchen und bis zu 1h verbleiben können. Da sie sich gewöhnlich auf Ästen über Gewässern sonnen, wie etwa auch Segelechsen oder Leguane, lassen sie sich selbst bei kleineren Anzeichen einer Gefahr aus zum Teil großen Höhen ins Wasser fallen, was eine rasche Flucht ermöglicht.

Solche Verhaltensweisen sind typisch für Wasserdrachen. Die Tiere lieben das Wasser und verfügen über sehr gute Schwimm- und Tauchkünste. Grüne Wasseragamen leben in kleinen Familienverbänden und Gruppen mit einem Männchen und einem oder mehreren Weibchen zusammen.